Kerja sama Universitas Cenderawasih telah berlangsung sejak tahun 2007. Awal kerja sama ini hanya mencakup perjanjian kerja sama dengan Fakultas MIPA namun pembaharuan perjanjian kerja sama tahun 2023 telah mencakup hampir keseluruhan fakultas di seluruh yaitu Fakultas Ekonomi dan Bisnis, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Hukum, Fakultas MIPA, Fakultas Teknik, dan Sekolah Pasca Sarjana